Музей жертв политических репрессий был открыт 2 ноября 2001 года филиалом историко-краеведческого музея ЮКО. Его открытие проходило с участием Елбасы Н.А.Назарбаева. Музей был открыт к 10-летию Независимости Казахстана, с целью восстановления справедливости в обществе, увековечивания памяти о жертвах политических репрессий, донесения до сознания подрастающего поколения. 13 августа 2002 года постановлением акима области №248 был преобразован в ГККП «Южно-Казахстанский областной музей жертв политических репрессий».
Постановлением акимата Туркестанской области от 13 августа 2018 года №234 музей передан в коммунальную собственность города Шымкент.
Музей в Шымкенте является одним из первых политических культурных объектов в Республике Казахстан. Внешняя архитектура и внутренний дизайн музея построен соответственно определенной тематике, то есть памяти жертв политических репрессий. В целом музей был создан в соответствии с тематикой, воплощением основной идеи заслуженного деятеля искусств РК, дизайнера Аманжола Найманбая. В настоящее время Музей состоит из трех залов: экспозиционного, «Поклонения» и кинозала.
В центре музея расположена скульптура «Репрессия», являющаяся стержнем всей экспозиции. Первоначально музейный фонд насчитывал около 2 500 экспонатов, в настоящее время музейный фонд насчитывает 16 257 экспонатов. Из них 13 396 основного фонда, 2 861 вспомогательного фонда, количество экспонатов, включенных в электронный список – 1 163. В целях пополнения музейного фонда ведется работа с районными, городскими, областными и зарубежными архивами, музеями. Кроме того, музей тесно сотрудничает с потомками жертв политических репрессий.
Музей ведет научную работу совместно с учеными, историками высших учебных заведений (ЕНУ, ЮКГУ, ЮКГПУ, МКТУ и др.) и проводит многочисленные мероприятия с участием студентов данных ВУЗов. В целях празднования юбилеев деятелей Алаша и жертв политических репрессий регулярно организуются мероприятия, лекции, выставки, круглые столы.
Для повышения квалификации и обмена опытом музейные работники сотрудничают с музеями России, Узбекистана, Белоруссии, а также с музеями Казахстана «АЛЖИР», «КАРЛАГ», «Алаш арыстары».
Батыргазы Сергазиев руководит учреждением с 2017 года. Батыргазы Аргынгазыулы, активно участвующий в продвижении работы музея, организует все мероприятия на высоком уровне. Награжден юбилейной медалью «Қазақстан Республикасының Тәуелсіздігіне – 10 жыл», нагрудным знаком «Қазақстан туризміне еңбегі сіңген», юбилейной медалью «Астанаға – 10 жыл» и нагрудным знаком организации профсоюзо
